1.功能介绍

输入基因组或转录组fasta文件，使用MISA进行SSR（Simple Sequence Repeats）位点分析，并批量进行引物设计。

2.输入说明

该工具需要上传一个fasta格式的序列文件作为输入数据。第一行以>开头，包含序列名称，第二行为具体的序列，文件中可以包含多个序列。示例如下:

3.参数说明

【原始数据上传】

上传用于分析及批量设计引物的fasta格式序列文件。

4.输出说明

【data.fasta】

用户上传的fasta格式文件。

【data.fasta.misa】

MISA分析结果。该表格中表头的含义如下：

（1） ID：fasta文件中序列的ID（>后面的字符）。

（2） SSR nr：SSR位点的序号。

（3） SSR type：SSR的类型，分为单碱基重复（p1），分为二碱基重复（p2），复合重复（c），以此类推。

（4） SSR：SSR序列，分别标注出了碱基及重复次数，如(A)31即为A碱基重复31次。

（5） Size：SSR位点的大小，以bp为单位。

（6） start：SSR位点的起始位置。

（7） end：SSR位点的终止位置。

【data.fasta.statistics】

SSR位点的统计信息，包括了SSR位点的鉴定参数，参数为：(1/10) (2/6) (3/5) (4/5) (5/5) (6/5)，表示单碱基SSR在10个碱基以上定义为SSR位点，以此类推，在复合微卫星中中断 2 个 SSR 的最大碱基数为100。除此之外，还包括了序列总数，序列的总大小，已识别的 SSR 总数，包含 SSR 的序列数，包含超过 1 个 SSR 的序列数，复合 SSR 数量等信息，以及对不同类型SSR位点的统计等结果。

【result.xls】

SSR位点引物设计结果。程序为序列中前30个SSR位点，每个位点设计五对引物。该表格中表头的含义如下：

（1） ID：fasta文件中序列的ID（>后面的字符）。

（2） SSR nr：SSR位点的序号。

（3） SSR type：SSR的类型，分为单碱基重复（p1），分为二碱基重复（p2），复合重复（c），以此类推。

（4） SSR：SSR序列，分别标注出了碱基及重复次数，如(A)31即为A碱基重复31次。

（5） Size：SSR位点的大小，以bp为单位。

（6） start：SSR位点的起始位置。

（7） end：SSR位点的终止位置。

（8） left PRIMER1：第一对引物上游引物序列。程序为每个SSR位点自动设计5对引物。

（9） Tm：第一对引物上游引物序列TM值（melting temperature，熔解温度）。程序为每个SSR位点自动设计5对引物。

（10） size：第一对引物上游引物大小。

（11） Right PRIMER1：第一对引物下游引物序列。程序为每个SSR位点自动设计5对引物。

（12） Tm：第一对引物下游引物序列TM值（melting temperature，熔解温度）。程序为每个SSR位点自动设计5对引物。

（8） size：第一对引物下游引物大小。

（8） Product size：第一对引物产物大小。